Video: Ce este un fișier index BAM?
2024 Autor: Lynn Donovan | [email protected]. Modificat ultima dată: 2023-12-15 23:52
A Fișierul BAM (. bam ) este versiunea binară a unui SAM fişier . Un SAM fişier (. sam) este un text delimitat de tabulatori fişier care conține date de aliniere a secvenței. Indexarea : IGV necesită ca atât SAM, cât și Fișiere BAM fi sortat după poziție și indexate , și că fișiere index urmați o convenție specifică de denumire.
De asemenea, oamenii întreabă, cum deschid un fișier BAM?
De la Fişier meniu alege Deschis și selectați Fișiere BAM din partea stângă. Selectați butonul din dreapta care spune Adăugați a Fișierul BAM . Navigați la BAM Test Fișiere folderul pe care l-ați descărcat selectați with_index_with_graph. Clic Deschis , selectați mapt.
În al doilea rând, cum convertesc un fișier BAM în Fastq? Mai jos sunt pașii pentru a converti fișierul BAM în format FASTQ. Acest lucru va funcționa pe Linux și va necesita SAMTOOLS și BEDTOOLS
- Descărcați SAMTOOLS.
- Extrageți folosind Command tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Acesta va crea un folder cu numele samtools-version.
- Mutați în directorul cd samtools-version.
De asemenea, cum convertesc un fișier BAM într-un fișier SAM?
La converti SAM la BAM , folosim comanda samtools view. Trebuie să precizăm că intrarea noastră este în format SAM (în mod implicit se așteaptă BAM ) folosind opțiunea -S. De asemenea, trebuie să spunem că vrem ca rezultatul să fie BAM (în mod implicit produce BAM ) cu opțiunea -b.
Ce face Samtools view?
Samtools este un set de utilitare care manipulează aliniamentele în format BAM. Importă și exportă în formatul SAM (Sequence Alignment/Map), face sortarea, îmbinarea și indexarea și permite preluarea rapidă a citirilor din orice regiune. Samtools este conceput pentru a funcționa pe un flux.
Recomandat:
Este un fișier TIFF un fișier vectorial?
TIF – (sau TIFF) înseamnă Tagged Image File Format și este un fișier raster mare. Un fișier TIF este utilizat în principal pentru imagini în imprimare, deoarece fișierul nu pierde informații sau calitate, așa cum o face un JPEG. Este un fișier vector care poate conține text, precum și grafică și ilustrații
Care este scopul delimitatorilor dintr-un nume de fișier text doi delimitatori obișnuiți de fișier text?
Un fișier text delimitat este un fișier text folosit pentru a stoca date, în care fiecare linie reprezintă o singură carte, companie sau alt lucru, iar fiecare linie are câmpuri separate prin delimitator
Cum convertesc un fișier delimitat de file într-un fișier csv?
Accesați meniul Fișier, alegeți „OpenCSVTab-Delimited File” (sau pur și simplu apăsați Ctrl+O), apoi din caseta de dialog deschisă, alegeți fișierul delimitat de tab-uri pentru a deschide. Puteți copia șirul delimitat de tabulatori în clipboard și apoi utilizați opțiunea „Deschidere text în clipboard” (Ctrl+F7)
Ce este index și creați index în SQL?
Instrucțiunea SQL CREATE INDEX. Instrucțiunea CREATE INDEX este folosită pentru a crea indecși în tabele. Indecșii sunt utilizați pentru a prelua datele din baza de date mai rapid decât altfel. Notă: Actualizarea unui tabel cu indici durează mai mult timp decât actualizarea unui tabel fără (deoarece indecșii necesită și o actualizare)
Care este diferența dintre un index de grupare și un index secundar?
Index primar: într-un fișier ordonat secvenţial, indexul a cărui cheie de căutare specifică ordinea secvenţială a fișierului. Denumit și index de grupare. Index secundar: un index a cărui cheie de căutare specifică o ordine diferită de ordinea secvențială a fișierului. Denumit și index non-clustering